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Ha avuto origine, a cura dell'Università, nel 1739, e nei primi anni dell'Ottocento divenne una vera istituzione scientifica ed un importante centro per la ricerca, la didattica universitaria e l'esposizione al pubblico.
Tra i vari personaggi che hanno contribuito al suo sviluppo ricordiamo Franco Andrea Bonelli (1784-1830), insigne ornitologo, Giuseppe Genè (1800-1847) che fece importanti studi sulla fauna della Sardegna, Filippo De Filippi (1814-1867), fondatore della Sezione di Anatomia comparata e Michele Lessona (1823-1894) che proseguì l'opera di diffusione in Italia della teoria di Darwin già iniziata dal De Filippi.
Grazie a loro il Museo rappresentò una tappa consueta per i piemontesi che vi affluirono numerosi.
Tra i visitatori più assidui c'era Emilio Salgari che osservando i numerosi animali esotici trasse spunto per i suoi celebri romanzi.
Nel 1878 il Museo fu trasferito a Palazzo Carignano prima, e poi dal 1936 nell'attuale sede in Via Giolitti 34, all'interno del prestigioso complesso architettonico del Castellamonte.
I locali sono stati negli ultimi anni oggetto di importanti lavori di riallestimento museografico da parte della Regione Piemonte - Museo Regionale di Scienze Naturali - cui sono state affidate in gestione alcune collezioni universitarie con un'apposita convenzione, allo scopo di consentirne una nuova fruizione pubblica.
Gli animali esposti, frutto di scambi, acquisti, viaggi, nonché provenienti dai giardini zoologici reali, hanno un'importanza storica eccezionale, in quanto sono collegati alle vicende dinastiche e politiche piemontesi.
Nell'area del Museo, allestita dall'Arch. Andrea Bruno come la stiva di una nave da carico dell'Ottocento che richiama l'Arca in cui si incontrano tutti gli animali, si possono ammirare, recuperati al primitivo splendore, i reperti delle preziose Collezioni Scientifiche iniziate dal 1700 e affidate, con una convenzione, alla Regione Piemonte negli anni Ottanta.
Fra i pezzi di pregio presentati si possono
osservare molti esemplari appartenenti a specie estinte quali l'alca
impenne, il tilacino, l'huia, l'emu nero, il parrocchetto della Carolina, la
colomba migratrice americana, il leone di Barberia e il quagga.
Nobilitano ancora questa straordinaria esposizione: un bisonte americano,
l'elefante indiano Fritz, dono del viceré d'Egitto Mohamed Aly al Regno
Sardo, l'imponente scheletro di balenottera spiaggiata a metà Ottocento a
Bordighera.
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